市司法局設下列內設機構：
（一）辦公室(行政服務科）。負責機關日常運轉，承擔信息、保密、信訪、政務公開、信息化等工作；開展司法行政工作的理論與實踐調研工作，提出政策建議；負責擬訂本系統(tǒng)發(fā)展戰(zhàn)略、中長期規(guī)劃、重大政策；負責推進司法行政改革工作；負責機關政務活動的組織實施和督查督辦；負責公文審核和綜合性文件的起草工作；承擔局行政服務事項，負責局行政審批事項的受理、組織、協(xié)調、跟蹤、督促；指導對外交流合作、涉港澳臺交流合作等事務；負責本系統(tǒng)財務、物資裝備和基本建設管理工作，擬訂建設標準、經費保障和財務管理辦法；指導、監(jiān)督本系統(tǒng)中央政法補助專款、省級轉移支付資金和基建投資的使用工作；負責本系統(tǒng)警用車輛、通訊及物資裝備管理工作；負責局機關的預決算、財務管理、國有資產管理、政府采購及后勤保障、安全保衛(wèi)等工作；指導所屬單位的財務管理工作；負責本系統(tǒng)內部審計工作。
（二）政治處。承擔機關及所屬事業(yè)單位的干部人事、機構編制、勞動工資工作；負責本系統(tǒng)思想政治工作；管理監(jiān)督本系統(tǒng)隊伍建設工作；根據干部管理權限，承擔本系統(tǒng)干部的考察工作；承擔黨組會議日常組織工作；指導全市法治人才隊伍建設相關工作；參與指導本系統(tǒng)法律職業(yè)教育工作；配合做好法律服務人員專業(yè)技術職務的評審工作；負責組織制定法律職業(yè)人員入職前培訓規(guī)劃，并組織實施；制定本系統(tǒng)干部教育培訓規(guī)劃并組織實施；負責本系統(tǒng)宣傳教育工作；管理本系統(tǒng)表彰獎勵工作；負責機關及所屬事業(yè)單位黨群工作；負責機關離退休干部工作。
（三）依法治市辦綜合科。承擔市委依法治市辦日常事務，承擔相關工作；開展全面依法治市理論與實踐調研工作，提出政策建議；承辦全面依法治市工作規(guī)劃建議的協(xié)調工作；組織起草全面依法治市有關重要文件，參與起草綜合性文件，研究提出建設法治海安、法治政府、法治社會的意見和措施；負責擬訂全面依法治市決策部署的年度督察工作計劃，開展重大專項督察，提出督察意見、問責建議；制定法治海安、法治政府、法治社會建設指標體系的考核標準并組織實施，檢查、督促、指導區(qū)鎮(zhèn)和市級機關部門法治建設，推動實施法治為民辦實事工作。
（四）行政復議應訴科。承辦向市政府提出的行政復議申請，承辦以市政府為被申請人的行政復議案件，處理或者轉送對有關規(guī)范性文件的審查申請；指導、監(jiān)督全市行政復議工作；制定行政復議、行政應訴工作制度；處理涉及行政復議、行政應訴的來信來訪事項；承擔全市行政復議、行政應訴案件統(tǒng)計和重大行政復議決定備案工作；負責全市行政復議、應訴人員的培訓工作；承擔市政府行政應訴事務；協(xié)調市政府涉訟法律事務；指導、監(jiān)督行政應訴和行政賠償工作；承辦向市政府申請的行政賠償案件；承辦征地補償安置爭議的協(xié)調工作；承擔市行政復議委員會的日常工作；負責局機關行政應訴工作。
（五）備案審查科。統(tǒng)籌規(guī)劃、綜合協(xié)調、督促指導全市依法行政工作，承擔市全面推進依法行政工作領導小組辦公室的日常工作；負責擬訂市政府規(guī)范性文件年度制定計劃；辦理市政府規(guī)范性文件和擬由市政府批準的市級部門規(guī)范性文件的合法性審查工作；承擔市政府規(guī)范性文件的清理、督促評估和執(zhí)行情況跟蹤檢查工作；承擔市政府規(guī)范性文件的報備工作；協(xié)調推進、督促、檢查和指導規(guī)范性文件合法性審核機制建設；承辦局機關規(guī)范性文件審查工作；承辦上級有關立法調研的聯(lián)系及征求意見工作；承擔市政府法律顧問職責，為市政府重大行政決策和行政行為提供法律意見；指導、監(jiān)督和協(xié)調市政府法律顧問工作；承擔市政府合同審查工作；指導監(jiān)督全市政府合同工作。
（六）行政執(zhí)法協(xié)調監(jiān)督科。負責行政執(zhí)法的綜合協(xié)調工作；指導、監(jiān)督各區(qū)鎮(zhèn)、各部門行政執(zhí)法工作，推進嚴格規(guī)范公正文明執(zhí)法；指導、推進全市相對集中行政處罰權、行政許可權工作；承擔行政執(zhí)法主體資格的認證工作；負責各區(qū)鎮(zhèn)、各部門的行政執(zhí)法證件核發(fā)及管理工作；負責協(xié)調行政執(zhí)法體制改革、行政執(zhí)法的普遍性重要性問題；負責市政府“放管服”改革措施的法制協(xié)調工作；指導行政裁決工作；指導、協(xié)調推行行政執(zhí)法公示、執(zhí)法全過程記錄、重大執(zhí)法決定法制審核工作；受理對行政執(zhí)法行為的投訴，對違法行政行為提出督查處理建議；承擔報市政府批準的有關行政強制措施的合法性審查工作；組織行政執(zhí)法業(yè)務培訓。
（七）社區(qū)矯正管理科（社區(qū)矯正管理大隊）。貫徹執(zhí)行社區(qū)矯正法律法規(guī)和相關政策，研究制定并組織實施全市社區(qū)矯正工作規(guī)劃和管理制度；負責對全市社區(qū)服刑人員的刑罰執(zhí)行、監(jiān)督管理教育和幫扶工作；組織社會力量和志愿者參與社區(qū)矯正工作；負責社區(qū)矯正工作的宣傳、培訓和理論研究工作；依法審核辦理或提請有關社區(qū)服刑人員刑罰變更執(zhí)行案件，負責社區(qū)服刑人員不服警告處罰的復核，負責協(xié)調處理社區(qū)服刑人員居住地變更異議指定；指導和協(xié)調全市社區(qū)矯正突發(fā)事件的應急處置工作；指導刑滿釋放人員幫教安置工作。
（八）普法與依法治理科。負責擬訂法治宣傳與普法教育規(guī)劃和年度計劃并組織實施；指導、監(jiān)督各區(qū)鎮(zhèn)、各部門“誰執(zhí)法誰普法”的普法責任制落實工作，推進全民普法；指導、監(jiān)督國家工作人員學法用法工作；指導各區(qū)鎮(zhèn)、各部門、各行業(yè)依法治理和法治創(chuàng)建工作；組織對外法治宣傳工作；指導社會主義法治文化建設工作；承擔市法治宣傳教育領導小組辦公室的日常工作。
（九）人民參與和促進法治科。負責制定全市保障人民群眾參與、促進、監(jiān)督法治建設的制度措施；指導人民團體、群眾自治組織和社會組織參與、支持法治社會建設工作；指導推進司法所建設；指導人民調解、行政調解和行業(yè)性專業(yè)性調解工作；指導人民陪審員、人民監(jiān)督員選任管理工作；指導基層法律服務工作；負責對基層法律服務工作者和基層法律服務所違法違紀問題的行政處罰工作；承擔全市醫(yī)患糾紛人民調解工作領導小組辦公室相關工作。
（十）公共法律服務科（市法律援助中心）。負責規(guī)范推進全市公共法律服務體系和平臺建設工作；指導、監(jiān)督、實施全市法律援助工作；指導、監(jiān)督全市司法鑒定、仲裁工作，編制全市公證、司法鑒定名冊并公告；參與公證員、司法鑒定人專業(yè)技術職稱評審工作；指導社會組織和志愿者開展法律服務工作；指導、監(jiān)督全市公證法律法規(guī)和政策的貫徹執(zhí)行；指導監(jiān)督全市公證機構和公證員依法開展執(zhí)業(yè)活動；協(xié)助南通市司法局對公證員和公證機構、司法鑒定人和司法鑒定機構違法違紀問題的行政處罰工作。
（十一）律師工作科。指導、監(jiān)督全市律師工作；指導、監(jiān)督全市律師事務所和律師的執(zhí)業(yè)活動，協(xié)助南通市司法局對律師和律師事務所違法違規(guī)問題的行政處罰工作；指導、監(jiān)督全市黨政機關、企事業(yè)單位法律顧問工作；指導、監(jiān)督全市公職律師、公司律師工作；負責全市律師事務所的設立、變更、注銷初審工作；負責管理涉港澳臺有關律師事務，承辦司法行政涉港澳臺法律事務；開展全市律師年度考核工作；指導、監(jiān)督市律師協(xié)會工作。